Da antiga residência nobre (inacabada) identificam-se dois corpos correspondentes à utilização residêncial e à nave da capela anexa. As sucessivas ocupações consolidaram um universo espacial labiríntico e a ausência de manutenção tornou evidentes os sinais de uma degradação acentuada. Desta pré-existência preservou-se a sua nobre postura sobre o espaço público e os principais elementos estruturais.

Propôs-se a adição de um novo volume por forma a responder às exigências programáticas, que, por oposição, se oferece em estrutura modular metálica, leve e transparente. A articulação entre os dois volumes é feita por um espaço de transição, correspondente ao vazio por eles configurado e tratado como se fosse um espaço público. No pavimento foram reutilizadas lages de pedra oriundas de um antigo caminho público existente neste preciso lugar e que o acaso das escavações arqueológicas tornou visível.

O acesso ao Museu faz-se pela espaço da antiga Capela, onde a supressão de uma lage de betão armado permitiu retomar a forma original. As duas salas laterais, que se relacionam directamente com o espaço público, foram reservadas para exposições temporárias. A transição para os restantes espaços do museu é feita através de um “biombo”, que contou com a inspiração do artista plástico João Ribeiro. Este elemento permite a configuração dos espaços, filtra a luz, controla os percursos e propiciou uma resignificação do antigo espaço de culto. No piso térreo do volume metálico, existe um conjunto de espaços directamente relacionados com os visitantes, tais como o centro de documentação, o sector educativo, um apoio de cafetaria, zona de estadia e apoios sanitários. O piso superior está reservado a espaços privados e à sala de exposição permanente.