A Igreja do Convento de S. Francisco encontra-se classificada como imóvel de interesse público, pelo Decreto nº47508 de 24-1-1967. A sua singularidade arquitectónica associada ao inquestionável valor histórico, exige que qualquer acção que se opere neste contexto edificado, tenha presente a necessidade de descodificar os múltiplos sinais das “várias” edificações que ela encerra, os seus momentos de construção, bem como avaliar a eficácia da futura utilização. Deste modo, o presente Projecto de Execução da Arquitectura, pretende estabelecer um conjunto de princípios caracterizadores da intervenção, propondo a recuperação da estrutura do edificado, o restauro de elementos de revestimento e escultóricos (azulejo, pedra, talha, estuques, pintura mural) e a ampliação da Igreja através da construção de um pequeno volume, tendo em vista a constituição de um pequeno núcleo museológico de arte sacra.

Igreja de S. Francisco
No corpo edificado correspondente à Igreja de S. Francisco, dado o seu bom estado de conservação, o projecto aponta para simples acções de recuperação. Trata-se de fazer erradicar as infiltrações existentes na galilé, provocadas por alguma permeabilidade que o terraço da cobertura vai apresentando. As fachadas exteriores da igreja estão revestidas por um tristonho reboco de cimento. Aqui o projecto propõe a sua remoção integral e a aplicação de um  reboco à base de cal, que incluirá pigmento de cor ou será preparado para receber pintura. O interior será objecto de restauro, seguinte os princípios que estão descritos, em anexo das especialidades. As caixilharias existentes, que se encontram degradadas e não respondem favoravelmente às actuais exigências funcionais, serão recuperadas com eventuais substituições de peças que se encontrem danificadas. O pavimento da nave deverá ser alvo de uma intervenção de modo a permitir investigação arqueológica. A solução deverá ser definida a partir da informação obtida nas escavações arqueológicas. Contudo, após selagem dos trabalhos, é nossa pretensão que eventuais infrestruturas eléctricas, de iluminação e de tratamento ambiente possam ser ali instaladas.

Núcleo Muselógico
O programa de espaços e funções fornecido pela Fundação Robinson, prevê a criação de um pequeno espaço cultural, para instalação do acervo de arte sacra desta Instituição. A ideia inicial de instalar uma exposição “permanente” no espaço da Igreja, foi desde logo por nós abandonada. Em primeiro lugar considera-se que a futura utilização do espaço da Igreja deverá ser enquadrado na estratégia futura para toda a estrutura condominial do Convento de S. Francisco. Por outro lado, o facto de estarmos em presença de uma edificação que acolhe “duas” igrejas, construídas em dois momentos bem distintos, a que se adiciona um conjunto de detalhes construtivos e decorativos interessantíssimos, releva a necessidade de a tratar isoladamente, “interpretando-a”, funcionando complementarmente com a infraestrutura museológica. Desta forma, a criação de novos espaços expositivos obrigou a uma ocupação do logradouro e a repensar os acessos e as áreas técnicas.

Os novos espaços distribuem-se por dois pisos, da seguinte forma:
- No Piso 0  (nível da Igreja) há uma sala de exposições que permite, através da introdução de uns biombos, a sua subdivisão. Também neste piso se localizam as instalações sanitárias e um espaço de estadia com a possibilidade de criação de uma loja e cafetaria (dada a localização do museu, junto a um interessante espaço público da cidade de Portalegre, pleno de cafés e esplanadas, não se afigura importante existir uma cafetaria). Todos os espaços deste piso estão organizados em torno de um pátio que é dominado por um espelho de água.
- O piso -1, acolhe dois espaços de exposição, uma recepção e área de expositiva. A articular os dois níveis há um elevador e duas escadas. A localização destas duas escadas é fundamental para a organização dos circuitos de visita, possibilitando visitas autónomas à exposição e à Igreja.

Do ponto de vista formal o novo volume do museu encontra-se dissimulado por uma parede composta por elementos sobrepostos de amarelo de gáfete. No caso vertente houve o desejo manifesto de fazer perpetuar o limite da antiga cerca do convento, conferindo a esta nova parede o contorno e densidade do antigo muro. No que se refere à acessibilidade a pessoas de mobilidade condicionada, esta nova entrada faculta um acesso e circulação interna feitos com bastante comodidade e desprovida de obstáculos. Todo o conjunto será alvo de uma forte intervenção ao nível da iluminação decorativa. Com ela pretende-se dotar o edifício de alguma visibilidade nocturna, relevando detalhes construtivos e espaciais hoje desvalorizados.